کمیسیون تلفیق برنامه نیز چندی است با برگزاری جلسات مکرر سعی بر برطرف کردن ایرادات موجود در این مواد مرجوعی را دارد.
صندوق توسعه ملی نامی است که در لایحه برنامه پنجم از جایگاه خاصی برخوردار است و تنها ماده‌ای است که باعث جدایی این برنامه با برنامه‌های توسعه قبلی می‌شد اما هنوز این ماده در حالت اغما و مراعا بسر می‌برد و متأسفانه تعیین و تکلیف‌های اساسی بر این ماده صورت نگرفته است در حالی که این ماده فوق‌العاده حائز اهمیت بوده و به دلیل اختصاص 20 درصد از درآمدهای نفتی و گازی کشور به خود مهمتر نیز می‌شود اما به طور حتم باید در نهایت مورد بررسی قرار گیرد.
دو نگاه به جایگاه قانونی صندوق توسعه ملی وجود دارد؛ نگاه اول این است که اگر به قانون دائمی تبدیل شود دولت‌های بعدی نیز موظف و مکلف به اجرای آن می‌شوند اما اگر در برنامه توسعه جا پیدا کند امکان اینکه دولت‌های بعدی حاضر به اجرای آن نباشند، وجود دارد. البته وجود ماده‌ای به نام صندوق توسعه ملی در برنامه پنجم توسعه باعث می‌شود تا دخل و تصرف دولت در آن کاهش یابد.
این ماده از جمله مواردی بوده است که از آغاز بررسی برنامه پنجم مراعا مانده تا پس از نگاه تخصصی در کمیسیون تلفیق برنامه و اتخاذ تصمیمات مناسب در صحن علنی به منظور تصویب نهایی توسط نمایندگان مورد بررسی قرار گیرد. ایراداتی در برخی مصوبات یافت می‌شود که اگر پس از ارسال برنامه به شورای نگهبان در صورت بروز مشکل در کمیسیون تلفیق به منظور برطرف کردن آنها مجدداً اقداماتی صورت می‌گیرد.
در حال‌حاضر موادی همانند ماده 55 که به منظور کاهش وزارتخانه‌های دولت در 17 وزارتخانه، ماده 68، 102 مکرر یک، 104، 105، 122، 123، 124، 125، 126 و 156 مکرر سه و 196 مورد بررسی و به تصویب نهایی کمیسیون تلفیق برنامه رسیده است اما ماده 68 هنوز مراعا مانده است.
بحث‌های مجمع بانک مرکزی نیز که در نظر برخی باید به طور مجدد در کمیسیون تلفیق برنامه در آن اصلاح صورت گیرد نیز رد می‌شود زیرا از مرحله تصویب مجلس گذشته و تا زمانی که مورد ایراد شورای نگهبان قرار نگیرد مجلس نمی‌تواند در آن تغییرات و اصلاحاتی را صورت دهد.